Η Περιοχή ΙΙ βρίσκεται περίπου 150 μέτρα δυτικά της Περιοχής Ι, και αποτελεί τμήμα οικοπέδων που έγινε εφικτό να ανασκαφούν λόγω των απαλλοτριώσεων του 2003. Δύο κύριοι χώροι ερευνήθηκαν: ο Χώρος Q στα νοτιο-ανατολικά, και ο Χώρος R στα βορειο-ανατολικά. Η Περιοχή ΙΙ ήταν μία από τις θέσεις όπου πραγματοποιήθηκε γεωφυσική σάρωση το 2005.

Η ανασκαφή του 2006 έφερε στο φως απροσδόκητα ευρήματα που δεν είχαν απαντηθεί ποτέ πριν στην Ξερόπολη. Αυτό συνέβη κυρίως στην Περιοχή ΙΙ, όπου αποκαλύφθηκε ένας σημαντικός «τοίχος» με κατεύθυνση ΒΔ/ΝΑ, ο οποίος χωρίζει το χώρο σε δύο ζώνες.

Βόρεια του «τοίχου», το έδαφος αποδεικνύεται ότι ήταν κατωφερές και κατέληγε σε ένα κοίλωμα· στον χώρο αυτό, και κυρίως στα Πρωτογεωμετρικά στρώματα, βρέθηκε ένας αριθμός θραυσμένων πήλινων ειδωλίων ανάμεσα σε πέτρες: ανάμεσά τους δύο ταύροι, μια μικρογραφία πλοίου και το κεφάλι πιθανόν ενός κενταύρου.

Πήλινο ομοίωμα πλοίου

Θα ήταν πρώιμο να εξαχθούν περαιτέρω συμπεράσματα σε σχέση με αυτή την αξιοσημείωτη ανακάλυψη, προτού ολοκληρωθεί η ανασκαφή στο συγκεκριμένο χώρο. Ωστόσο, είναι σαφές – εξαιτίας της κατασκευής και του μεγέθους του – ότι ο «τοίχος» δεν ανήκε σε κάποιο κτίριο· θα μπορούσε να είναι ένας «αναλημματικός τοίχος» ή μέρος του τείχους του οικισμού. Η ανακάλυψη εντούτοις των πολύ καλής ποιότητας θραυσμένων ειδωλίων στο «κοίλωμα», στα βόρεια του τοίχου, δεν αποκλείει το ενδεχόμενο ο χώρος να συνδέεται με κάποιο γειτονικό τέμενος.

Στην Περιοχή ΙΙ και στο Χώρο Q, τα δωμάτια ενός ή και περισσοτέρων οικιών που χωρίζονται μεταξύ τους με δρομίσκους και ανοιχτούς χώρους, χρονολογούνται στις ύστερες φάσεις της Υστεροελλαδικής ΙΙΙ Γ και Υπομυκηναϊκής περιόδου. Εάν η επί τόπου μελέτη της κεραμικής είναι ακριβής, τότε αυτό το τμήμα της Ξερόπολης παρουσιάζει ενδείξεις κατοίκησης σε μια περίοδο που δεν αντιπροσωπεύεται επαρκώς σε άλλη θέση στο Αιγαίο.